Die ältesten Aufzeichnungen über Kirchen in Frankenhausen sind in den "Reinhardsbrunner Annalen" enthalten. Darin wird über die Gründung eines Zisterzienserinnenklosters im Jahre 1215 berichtet.

Zu Beginn des 16. Jahrhunderts hatte das durch die Sole und den Salzhandel wohlhabende Städtchen Frankenhausen dann sieben Kirchen. Die Hauptkirche war die Jakobikirche. Nach ihrem Abbrand (1546) wurde die damalige Klosterkirche, die Vorgängerkirche der Unterkirche, zur Hauptkirche (1550).

Bis heute sind nur noch drei Kirchen erhalten, die Oberkirche "Unsere lieben Frauen am Berge" mit dem berühmten schiefen Turm (seit 2012 im Eigentum der Stadt Bad Frankenhausen), die Kirche "St. Petri", auch Altstädter Kirche genannt - als Überbleibsel einer großen vorromanischen Anlage ein Kleinod - sowie die Unterkirche.

Wer sich mit der überaus reichen und interessanten Geschichte des Ortes (Bad) Frankenhausen, vor allem der ab dem 14. Jahrhundert, näher befasst, wird begreifen, warum diese Stadt (Stadtrechte seit 1219 vor allem aufgrund der Salzgewinnung und als einer der Hauptorte der Schwarzburger) schon vor Jahrhunderten im ganzen Nordthüringer Raum eine hervorgehobene Bedeutung in vielerlei Hinsicht erlangte. Immer wieder stoßen wir dabei auf die Unterkirche als Hauptkirche des Ortes, Residenzkirche der Grafen und der späteren Fürsten (deswegen auch die Größe, Gestaltung und Ausstattung) und Hauptkirche der Superintendenten (seit 1552/1554 bis zum heutigen Tage).
Für näher Interessierte: Die benutzten Quellen zur Darstellung der Geschichte der Unterkirche sind in dieser Übersicht zusammengefasst.

Die Unterkirche war nicht nur zentrale Stätte der Bevölkerung in der Stadt und Region, der Grafen, Fürsten und bei den hohen Beamten in kirchlicher Hinsicht. Sondern dies war natürlich immer verbunden mit der Pflege der Kultur, der Bildung, der Wissenschaft und vor allem der Musik (diese auch wegen der hervorragenden Akustik in der Unterkirche).