Kirchen an diesem Platz gibt es schon sehr lange. Die Unterkirche, so wie wir sie heute kennen, steht hier jedoch erst seit dem Jahr 1703 mit der Erneuerung der abgebrannten Kirche. Größere Renovierungen erfolgten 1884-1886, 1934 und nach 1945. Die Sanierungen und Restaurierungen des Mauerwerkes und im Innenbereich, die hauptsächlich seit 1998 laufen, sind so umfangreich und kostenaufwändig, dass manches davon immer noch aussteht.
Vorgängerkirchen der Unterkirche
Die heutige Unterkirche ist die dritte Kirche an gleicher Stelle. Das erste Kirchengebäude war die Klosterkirche von Zisterzienserinnen. Durch den Bauernkrieg wurden die Klostergebäude stark beschädigt. Das Kloster selbst ging im Jahre 1556 nach der Säkularisierung 1536 und infolge der Einführung der Reformation durch Graf Günther 40. von Schwarzburg-Sondershausen (1539) schließlich ein.
Die Klosterkirche wurde in den Jahren danach so baufällig, dass sie abgerissen werden musste. An gleicher Stelle ließ Graf Wilhem von Schwarzburg-Frankenhausen eine neue Kirche im barocken Stil errichten (Vollendung 1598, die Einweihungsfeier war zugleich Begräbnisfeier des kurz zuvor verstorbenen Grafen).Sie war sehr reich ausgestattet, brannte jedoch bei einem großen Stadtbrand 1689 völlig aus.
Erneuerung der abgebrannten Hauptkirche - die Unterkirche
Der Schwarzburger Graf Albert Anton (1641-1710) betraute 1691 den bekannten Baumeister Johann Moritz Richter den Jüngeren aus Jena, damaliger Stararchitekt in deutschen Landen, mit der Leitung der Bauarbeiten. Nur Reste des alten, z.T. von der alten Klosterkirche stammenden Mauerwerkes ließ er stehen und zog in südliche Richtung die Grundmauern zusätzlich einige Ellen weiter hinaus, als sie vorher waren. So wurde das Kirchenschiff breiter und imposanter.
Der Kirchenbau kostete mit rund 16.430 Gulden das mehrfache als ursprünglich geplant. In den Neubau wurde der vierseitig geschlossene Chor des Vorgängerbaus intergriert, ebenso Kernbereiche des alten Turmes auf der Chornordseite sowie restliches Mauerwerk an der Längsseite und am Westgiebel.
Der Innenraum dieser barocken Hallenkirche wird geprägt von zweigeschossigen Längsemporen und wird vom Altarraum getrennt durch einen korbbogigen Triumpfbogen. Im Westen baute der Orgelbauer J. Nordt aus Rudolstadt auf die dortige Empore eine barocke Orgel.
Die Kirche wurde mit dem Altar, dem Taufstein und der Kanzel in beeindruckender Weise ausgestattet und ist bis heute auch noch so erhalten.
Die farbliche Ausgestaltung war - soweit es bei der restauratorischen Befunduntersuchung noch zu ermitteln war - in barocker Fassung mit Hellblau (Ultramarinblau, damals ein sehr teuer Farbstoff), Gelblich-Weiß und gelbem Ocker gehalten. Auch das Gestühl war wohl sehr hell gestrichen gewesen. Überhaupt muss das Kircheninnere ein sehr heller Raum gewesen sein mit seiner relativ schlichten und hellen Farbfassung.
In Anwesenheit des Grafen Albert Anton von Schwarzburg, seiner Gemahlin Gräfin Aemilie Juliane und der gesamten Familie wurde am 10. Oktober 1703 die Kirche mit einem großen Festgottesdienst eingeweiht.
Sanierungen und Renovierungen bis 1934
Erste Sanierung und Renovierung 1884 bis 1886:
Am Auffälligsten war der Einbau von vier Farbglasfenstern im Chorraum anstelle der vorherigen einfachen Fenster. Sie stellen die vier Evangelisten dar.
Auch eine Heizung wurde eingebaut und der Fußboden durch Steinplatten erneuert und isoliert.
Die North-Orgel wurde vom Frankenhäuser Orgelbaumeister Julius Strobel umgebaut und erweitert. Er schuf mit ihr eine der bedeutendsten großen Orgeln der Hochromantik in Deutschland, die weithin sehr bekannt war.
Die ursprüngliche Ausmalung im Inneren wurde stark verändert. Vieles wurde in Grün und Braun gestrichen; der Altarraum erhielt einen Tapetenmuster-Anstrich. Die Kirche wirkte dunkel. Ein weiterer Kronleuchter und andere Leuchter mussten für ausreichende Beleuchtung sorgen.
Der Altar wurde mit Lila-Plüsch bekleidet.
Die bauliche Wiederherstellung kostete ca. 25.000 Mark, wovon allein Wilhelm Schall, der damalige Bürgermeister, Fabrikant, Bankier und ein großer Wohltäter für die Menschen der Stadt, 15.000 M übernahm. Er finanzierte komplett auch den Heizungseinbau mit 5.000 M und den Orgelbau mit 13.000 M.
Die Unterkirche wurde am 17. Oktober 1886 mit einem feierlichen Festgottesdienst wieder in Gebrauch genommen.
Zweite Sanierung und Renovierung 1934:
Eingriffe in die Bausubstanz wurden kaum vorgenommen. Jedoch bekam der Kirchenraum wieder eine andere Farbfassung. Der Farbton wurde in Grau-Weiß-Grün verändert. Dadurch wurde die Kirche wieder heller. Die Kronleuchter und alle weiteren Leuchter mussten 60 elektrischen Kugelleuchten weichen.
Die Figuren des Altars (Jesus am Kreuz, Maria und Johannes) erhielten einen bunten Farbton. Die Säulen des Altars wurden Grün marmoriert. Die Wappen, das von Graf Albert Anton und das der Grafen und späteren Fürsten von Schwarzburg-Rudolstadt, wurden restauriert.
Am Altar, an der Altarseite der Emporen, entlang an den unteren Emporen und an der Kanzel wurden Teilbereiche bronziert statt vergoldet.
Auch am Orgelprospekt wurde bronziert. Die geschnitzten Blätter, Früchte, Gewinde und Schleifen erhielten einen sehr farbigen Anstrich.
Die Orgel selbst wurde von den Gebrüdern Strobel gründlich gereinigt und ausgebessert.
Unter Leitung des Kunstmalers Jürgen Wegener aus Weimar wurde im großen Deckenfeld über dem Mittelgang an die Stelle der Engelsgruppe ein großes Deckenfresko gemalt. Es ist eine sogenannte Totentanz-Darstellung. In ihm ist auch die nationalsozialistische Idee wiederzuerkennen. Nach 1945 wurde einiges von dem, was daran erinnert, übermalt.
Die Unterkirche wurde am 30. September 1934 wieder eingeweiht, und zwar mit einem Festgottesdienst, in dem der damalige Landesbischof Martin Sasse predigte und die fast 3.000 Gottesdienstbesucher auf den Nationalsozialismus einstimmte. Den Ordnungsdienst versah die SS. Fahnenabordnungen nationalsozialistischer Wehrverbände und Organisationen zogen ein. Die Gemeinde erhob sich von den Plätzen, die Hand zum Gruß erhoben. Ein brauner Schatten lag schon jetzt auf dieser Weihe.
Umbau- und Reparaturmaßnahmen nach 1945:
1953 wird die frühere Glockenstube renoviert.
1960 baut sich die Gemeinde einen kleinen Gemeindesaal unter der Orgelempore als Winterkirche ein, der 1989 erweitert und umgebaut wird.
1954 Neueindeckung des Langhausdaches,1957 Neueindeckung des Turmes.
1983-1984 werden durch den Umbau der Fürstenlogen zwei Gemeinderäume geschaffen. Auch wird der südliche Anbau komplett erneuert und in ihm eine Toilette eingebaut.
Baumaßnahmen seit den 1980er Jahren:
Seit den 1980er Jahren wurden die Schäden immer beträchtlicher. 1998 begann die Dach- und Turmsanierung (Abschluss 2002). In den Jahren 2004 bis 2005 wurde der obere Teil des Westgiebels außen saniert.
Im Jahr 2010 begann nach umfangreichen Befunduntersuchungen, Begutachtungen und planerischen Vorarbeiten die Gesamtmaßnahme "Sanierung der Unterkirche, untergliedert in mehrere Bauabschnitte. Das Ziel war, dass alle Sanierungs- und Restaurierungsarbeiten sowie die Restaurierung der Großen Strobel-Orgel im Jahr 2015, dem 800. Jahr nach der Ersterwähnung einer Kirche in Frankenhausen (siehe oben) abgeschlossen werden können. Dieses Ziel konnte trotz mehrfacher Spendenaktionen der Kirchgemeinde und des Fördervereins, trotz der zahlreichen Zuwendungen des Thüringer Landesamtes für Denkmalpflege und Archäologie, der Evangelischen Kirche in Mitteldeutschland, der Städtebauförderung, der Stadt Bad Frankenhausen und zahlreicher Stiftungen und Förderer nicht erreicht werden. Mitverursacht wurde das auch dadurch, dass sich die Bauschäden als viel schwerwiegender herausstellten und Einzelmaßnahmen vor allem in bauphysikalischer Hinsicht sich als viel komplizierter erwiesen als gedacht, was z.T. zu enormen Kostensteigerungen führte.
Die umfangreichsten und wichtigsten Baumaßnahmen waren bisher:
- Bergung und Restaurierung der wertvollen Zinnsärge. Sie enthalten die Gebeine des Grafen Wilhelm von Schwarzburg (verst. 1597) sowie seiner ersten Frau Elisabeth (Tochter des Grafen Joachim v. Schlick, verst. 1590) und seiner zweiten Frau Clara, geb. Herzogin zu Lüneburg, verst. 1658 in Heringen), Verfüllen der Gruft,
- Abnahme des schadhaften sowie mit Teer überstrichenen Innenputzes im Chor, Neuverputzung unter Beachtung der besonderen bauphysikalischen Problemlage (durch Vorhandensein verschiedenartigster Gesteine im Mauerwerk und des feuchten Untergrundes),
- Aufbringen der Anstriche an zwei Probeflächen nach dem Farbkonzept, auf das sich nach zähem Ringen geeinigt wurde,
- Anlegen von partieller Vergoldung,
- Steinrestauratorische und -konservatorische Arbeiten am Matthäus-Fenster einschließlich der Gewände, Sanierung Außenmauerwerk im entsprechenden Bereich,
- Restaurierung des Matthäus-Fensters,
- Restaurierung des Markus- und des Lukas-Fensters.
- steinkonservatorische Maßnahmen im Innen- und Außenbereich des Chores,
- Putzerneuerung an den Wand- und Deckenflächen des Chores einschließlich Aufbringen der abgestimmten Farbfassung,
- Restaurierung der Kanzel,
- Erledigung aller Stuck-, Putz- und Malerarbeiten sowie Vergoldungen im Chorbereich,
- Steinmetz- und Putzarbeiten am Johannes-Fenster,
- Restaurierung des Johannes- Farbglasfensters,
- Restaurierung zweier Altargemälde,
- Sanierung des Altars,
- Steinkonservatorische und -restauratorische Arbeiten der Innenpfeiler und des Mauerwerkes innen,
- Erledigung aller Stuck-, Putz- und Malerarbeiten an den Emporenbrüstungen, der Decken- und Wandfächen,
- Restaurierung des Deckenfreskos,
- Einbau eines neuen Beleuchtungssystems,
- Abschluss der Restaurierung der großen Strobel-Orgel mit ihrer Wiedereinweihung am 23. Juni 2019.
So zeigt sich der sanierte Innenraum der Unterkirche im Jahr 2019:
Noch ausstehende Maßnahmen:
Folgende schwerpunktmäßige Maßnahmen sind in den nächsten Jahren noch zu erledigen:
- Reparatur von Schäden und Abnutzungen an den Holzeinbauten in den Emporenaufgängen und auf den Emporen
- Reparatur und Erneuerung der Anstriche des Gestühls im Kirchenschiff und auf den Emporen sowie der Innen- und Außentüren,
- Fußbodensanierung im Chorbereich,
- Sanierung der Toiletten und Erneuerung der Heizungsanlage im Heizungsraum,
- Steinkonservatorische Maßnahmen der Außenfassaden des Kirchenschiffes.